[1] [CODE(XMLe)@en[[[thr:in-reply-to]]]] は [[Atom]] の[[拡張要素]]として定義されていますが、これがどこで使えるのかは仕様上明記はされていません。
本文中の意味の説明と例示から、 [CODE(XMLe)@en[[[atom:entry]]]] [[要素]]の[[子供]]として (のみ) 使えるものと推測されます。

[2] [CODE(XMLe)@en[[[at:deleted-entry]]]] の[[子要素]]として使っても良いのかは不明です。